Los sistemas con limpieza en sitio (CIP) se pueden usar durante cambios de producto o lote para evitar contaminación cruzada. Después de la limpieza CIP, la esterilización en sitio (SIP) utiliza agentes desinfectantes (por ejemplo, peróxido de hidrógeno, solución de hidróxido de sodio, etc.) para eliminar los microorganismos restantes.